Rafeindasmásjánotar merki sem myndast við samspil rafeindageisla við sýni til að fá upplýsingar um byggingu, formgerð og samsetningu.
Rafeindabyssur framleiða rafeindir.
Tvö sett af þéttum fókusa rafeindageislann að sýninu, þar sem hann er fókusaður í þunnan geisla.
Til að færa rafeindirnar niður í súluna er hröðunarspenna (venjulega á milli 100 kV-1000 kV) beitt á milli wolframþráðarins og rafskautsins.
Sýnin sem á að skoða eru mjög þunn, að minnsta kosti 200 sinnum þynnri en ljóssmásjá. Skerið ofurþunna hluta af 20-100 nm sem hafa verið settir á sýnishaldarann.
Rafeindageisli fer í gegnum sýnið og rafeindirnar dreifast eftir þykkt eða brotstuðul mismunandi hluta sýnisins.
Þétt svæði í sýninu dreifa fleiri rafeindum og virðast því dekkri á myndinni vegna þess að færri rafeindir lenda á því svæði á skjánum. Aftur á móti eru gagnsæ svæði bjartari.
Rafeindageislinn sem kemur út úr sýninu nær til hlutlinsunnar, sem hefur mikið afl og myndar meðalstækkunarmynd.
Augnglerið framleiðir síðan endanlega, frekar stækkaða mynd.
