Allur lífeindaúrgangur sem á að fara í autoclave verður fyrst að setja í viðurkenndan og merktan autoclave poka. Skarpur eins og nálar og skurðarhníf verður að setja í viðurkennt, merkt ílát með brúnum beittum hlutum áður en þær eru sótthreinsaðar. Ekki setja beittar pípettur eða glerbrot í pokann. Þessi úrgangur ætti að setja í kassa eða fötur og fara í autoclave eða dauðhreinsa með því að nota fljótandi sótthreinsandi efni eins og 10% natríumhýpóklórít. Lífeðlisfræðilegur úrgangur sem á að dauðhreinsa í autoclave verður að hafa vísir sem sannar að úrgangurinn hafi verið autoclaveraður áður en hægt er að farga honum. Margir autoclave pokar koma með vísir sem les "AUTOCLAVED" þegar dauðhreinsunarferlið er lokið. Nota þarf vísbendingar á kassa og tunnur áður en þær eru sjálfkrafa og settar í tunnuna. Hugsanlega smitandi úrgangur verður að vera merktur „biohazard“ og hafa lífhættumerki á ílátið. Þegar óhættuleg efni eru sótthreinsuð eins og nauðsynjar til rannsóknardýra, ræktunarmiðla og rannsóknarstofubúnað í dauðhreinsuðu umhverfi nægja ómerkt látlaus ílát.
Áður en byrjað er, ætti að setja um það bil 50 ml – 100 ml af vatni í autoclave pokann til að auðvelda gufumyndun í pokanum. Ef þetta vatn er náttúrulega til staðar í hleðslunni er engin þörf á að bæta við vatni. Autoclave-pokar ættu að vera vel pakkaðir til að koma í veg fyrir að þeir leki ef þeir eiga sér stað. Hins vegar, ef límbandið er of þétt vafið, getur gufuþrýstingur safnast upp inni í pokanum sem veldur því að hún rifnar. Ekki tvöfalda ruslapokana. Autoclave pokar eru hönnuð til að vera gegndræpi fyrir gufu, en tvöfaldur poki mun koma í veg fyrir flæði gufu í gegnum pokann. Ekki offylla pokann eða autoclave þar sem lélegt gufuflæði getur truflað dauðhreinsunarferlið. Best er að setja pokann ekki beint í autoclave. Þeir ættu að vera settir á ryðfríu stáli eða pólýprópýlenbakka.
Ekki fylla ílátið meira en 75% við vökva í autoclave. Þetta mun tryggja að vökvinn hafi pláss til að þenjast út þegar hann hitnar. Vegna þess að notkun gufu tildauðhreinsavökvi getur verið vandamál, best er að nota efnafræðileg efni til að dauðhreinsa fljótandi úrgang ef mögulegt er. Ef vísindamenn kjósa að nota gufu til að dauðhreinsa vökva verður ílátið sem inniheldur vökvann að geta staðist autoclave aðstæður. Hægt er að nota bórsílíkatgler eða pólýprópýlenílát. Gakktu úr skugga um að losa lokið á ílátinu til að byggja upp þrýsting á meðan á ferlinu stendur. Á meðan á autoclave stendur skal alltaf setja laus glervörur og vökvaílát í aukaílát. Notið þykka, hitaþolna hanska, hlífðargleraugu og gúmmísvuntu þegar vökvi er fjarlægður úr autoclave. Fyrir vökvaálag verður að stilla loftræstingarferil autoclavesins mjög hægt. Þetta gefur vökvanum tíma til að kólna niður fyrir 100 gráður, þannig að hann sýður ekki þegar þrýstingurinn minnkar. Eftir að keyrslunni er lokið skaltu opna hurðina hægt og slökkva á sér þar til gufan hefur hreinsað út.
